Nel 1645 il nuovo parroco Don Giuseppe Gerardo Carminati diede inizio alla costruzione delle Chiesa parrocchiale che terminò nel 1650. Nel 1667, con l'aiuto economico dello stesso Parroco, del fratello medico condotto di Bosisio e del prevosto di Missagli, la nuova chiesa parrocchiale venne completamente decorata con marmi, mentre la vecchia chiesa fu trasformata in casa parrocchiale.

Posta su un bellissimo pianoro in cima ad un poggio e collegata con una lunga scalinata in serizzo ghiandone di 67 gradini domina tutta la frazione di Garbagnate.

In principio l'edificio risultava essere più modesto rispetto all'attuale, sempre con una sola navata coperta con volte a botte, con quattro cappelle e tre altari, il Maggiore in centro, a sinistra quello della B.V. Maria e a destra quello di S. Giuseppe.

Nel 1716, il 27 novembre iniziarono i lavori per la creazione della colonna per la Croce, posta sul sagrato dai "Deputati della Veneranda Fabbrica", benedetta un anno più tardi e dipinta nel 1732. Il sagrato fu ottenuto dalla famiglia Butta il 12 marzo 1647; un pezzo di terreno denominato "Il Cios" che 6 anni più tardi venne trasformato parte in giardino della chiesa parrocchiale e parte nel piazzale antistante. Attorno agli anni venti del XVIII secolo quest'ultimo fu oggetto di manutenzione: fu costruita la mura di cinta e restaurata la scalinata che conduce alla Chiesa.

Ai primi del 1900 iniziano i lavori cambieranno il volto della Chiesa sia all'interno che all'esterno. Si inizia appunto nel 1910 con il rifacimento completo degli intonaci esterni. Tutte le pareti, compresa la facciata viene intonacata con un'affresco di mattoni a vista, sul lato sud, per tutto il perimetro del coro viene creato un vialetto con un muro di sostegno per diminuire l'umidità presente nelle murature.

Venne costruita la cappella di S. Margherita Alacoque sul lato settentrionale. Il Battistero, la cappella di S. Margherita A., quella adibita ad organo veniva a completarsi con quelle già esistenti della B. Vergine e di S. Giuseppe. E' perché emergesse il corpo della Chiesa distintamente dal fabbricato della casa parrocchiale che lungo il muro delle due nuove cappelle si costruì una terrazza lunga 8 metri, destinando il piano inferiore quale oratorio per i bambini.

Il Parroco, rilevando la mancanza di luce, nel 1908 fece aprire due finestre applicando serramenti in ferro con vetri smerigliati a disegno; serramenti che più tardi vennero modificati con motivi richiamanti lo stile barocco. Il rifacimento, nel 1914 in occasione di uno sposalizio, della pavimentazione della Chiesa insieme ai lavori di consolidamento statico degli anni 30 hanno cancellato qualsiasi traccia della vecchia pavimentazione; soltanto alla sinistra dell'abside si ritrova una modesta porzione del precedente pavimento.

In occasione del XXV di Parrocchialità, il Parroco Parravicini lanciò l'idea di completare la Chiesa con decori, per poi eseguirne la solenne consacrazione. Eretti i ponteggi, necessari per dare inizio ai lavori di rappezzo ed al rinnovo degli intonaci delle volte e delle pareti interne, il Parroco, esaminando alcune crepe riscontro che le chiavi di collegamento esistenti nei muri perimetrali anziché essere in ferro erano un legno: grosse travi di nero marcio e fradicio. Tale scoperta portò alla sospensione dei lavori di decorazione e diede inizio immediatamente al delicato lavoro di sostituzione delle chiavi. Al termine di questi lavori il Parroco incaricò un ingegnere di redigere un progetto per un'ulteriore consolidamento statico e questi presentò un disegno raffigurante 4 grossi barbacani destinati a sostenere la spinta della volta absidale. Si rinnovarono le fondamenta dei piloni dell'abside speronandoli con una nuova costruzione con muro semiesagonale. In questo modo si aumentò notevolmente la superficie interna della chiesa venendosi a creare due ambienti opposti rispettivamente per i ragazzi e le ragazze. A seguito di questi lavori si costruì una nuova sacrestia, sul terreno del Beneficio, allineata al ripostiglio d'accesso al campanile. Sul fronte opposto, si fece un analogo lavoro, aprendo un passaggio tra l'abside e l'altare della B. V. e un'altro tra quest'ultimo e l'altare del Crocefisso, ricavato al posto dell'organo che nel 1938 venne trasportato dove ancora oggi lo vediamo, dietro l'altare maggiore, nella zona absidale.

Assicurata e garantita staticamente la costruzione il Parroco incaricò il Prof. Nespoli di predisporre un progetto di decorazione interna.

Nello spazio interstante tra il cornicione e le sette arcate costituenti i due cori laterali ed il secondo coro dell'abside, venne in chiaro-scuro, in stile novecento raffigurato il cervo sitibondo che accorre assetato alle acque che sgorgano ai piedi del mistico agnello. Al di sopra del cornicione nelle vele sovrastanti le quattro finestre dell'abside figurano i quattro evangelisti in dipinto ed i loro simboli: l'angelo, l'aquila, il leone, il toro in rilievo di stucco. Nel centro delle tre lunette al di sopra delle tre finestre, due delle quali chiuse con affrescate figure bibliche ed i simboli dell'Eucarestia e della Passione, figurano tre bambinelle rappresentanti la Fede, la Speranza, la Carità. Nel centro delle volte perpendicolare all'altare figurano la Vergine regina del cielo, più in avanti Cristo Re. Lo sfondo di decorazione è in barocco contornato dall'assieme in grafito. Le cornici circostanti le figure sono in parte filettate con fogli d'oro come pure tutte le cornici delle cappelle, delle arcate e dei capitelli.

Sulla volta della Chiesa si possono invece scorgere tre grandi medaglie raffiguranti: la Sacra Famiglia con S. Anna alla destra e S. Giovanni alla sinistra; il trionfo di S. Giuseppe con S. Luigi e S. Agnese; il sogno della mistica scala di Giacobbe con S. Giovanni Bosco e S. Margherita Alacoque. Sulle due finestre centrali chiuse si riconoscono invece i volti dei due santi più cari alla tradizione milanese: S. Carlo e S. Ambrogio.

L'altare maggiore venne eretto per volere del reverendo parroco Gerolamo Brambilla nel 1666: di chiaro stile barocco fu eseguito insieme alla balaustra tutta in macchia vecchia con decorazioni a bugne in nero; lo stesso vale per i due piccoli tabernacoli per la S. Croce e gli olii santi, fissati entrambi sulle pareti centrali dell'abside.

La lastra dell'altare in marmo nero del Belgio fu consacrata il 9 dicembre 1934. L'altare della Beata Vergine, il primo sulla sinistra, contiene scolpito il simulacro dell'Immacolata eseguito nel 1640. La Vergine scolpita nel legno di ciliegio e originariamente decorato con placcature in oro, venne ristrutturato nel 1909. La mensa dell'altare in muratura venne demolita nel 1937 e sostituita con un'altra in serpentino sostenuta da due colonne in stile barocco, con dimensioni più consone agli abituali usi liturgici.

La terza cappella, costruita nel 1910 e intitolata a S. Margherita Alacoque, presenta un altare in stile barocco, precedentemente collocato nella vecchia chiesa medievale di S. Ambrogio. Sul lato opposto troviamo il Battistero la cui "Cuppola del Sacro Fonte" venne eseguita nel 1707, mentre solo un anno più tardi l'intera cappella viene dipinta: gli attuali dipinti sulla volta sono opere del Morì (1937), mentre il grande affresco pittorico troneggiante sulla parete del campanile è del Nespoli (1936). L'altare dedicato a S. Giuseppe; sempre presente dall'epoca della prima costruzione, come testimonia la data del 1666 incisa sul lato destro dell'altare stesso, nel 1918 subì una prima ristrutturazione: fu quasi completamente rifatta l'arcata in mattoni. Più tardi, nel 1934 fu la volta di buona parte del muro perimetrale.